Dès 1911, il signale à son confesseur l'apparition depuis un an de signes rouges et de douleurs vives aux mains et aux pieds.
Mais c’est en 1918, soit huit ans plus tard que se produisit l’un des événements marquants de la vie de Padre Pio.
Le matin du 20 septembre 1918 alors que, priant devant le crucifix, au sanctuaire de la vieille église, Padre Pio reçut le don de stigmates visibles, qui demeurèrent ouverts et sanglants pendant un demi-siècle. Ce phénomène suscita l’intérêt, non seulement d’une légion de médecins, de journalistes et de spécialistes, mais encore, l’attention de gens simples qui, au fil des ans, se rendirent à San Giovanni Rotondo pour rencontrer le saint moine.
Dans sa lettre du 22 octobre 1918 à l’abbé Benedetto, Padre Pio a écrit: «Comment vous décrire ma crucifixion … Je me trouvais au sanctuaire, après avoir célébré la messe, lorsque je fus envahi d’une paix qui ressemblait à un doux sommeil. Tous mes sens entrèrent dans une quiétude indescriptible. Cela se produisit en l’espace d’un éclair. M’apparut, au même moment, un mystérieux personnage ressemblant à celui que j’avais vu le soir du 5 août, à la différence que ses mains et son côté saignaient. Sa vue me saisit. Je ne saurais dire ce que je ressentis à cet instant et je serais mort si le Seigneur n’était pas intervenu pour soutenir mon cœur, qui bondissait dans ma poitrine.» - «Le personnage disparut et je constatai que mes mains, mes pieds et mon côté saignaient. Vous imaginez le tourment que j’éprouvai; d’ailleurs, je le ressens encore, presque chaque jour. La plaie au côté saigne continuellement, mais surtout du jeudi soir au samedi. Père, je me meurs de peine pour le tourment et la confusion que je ressens en mon âme ... Jésus, si bon, me fera-t-il la grâce de soulager la confusion que j’éprouve pour ces signes extérieurs? J’élèverai bien haut la voix, ne cessant de le conjurer de retirer de moi, par son infinie miséricorde, non le tourment, non la souffrance ... mais ces signes extérieurs qui me causent une confusion et une humiliation quasi insupportables.»
Les stigmates, malgré la répugnance de Padre Pio à en parler, ne restèrent pas secrets, et le bruit se répandit très vite. Les foules affluent, venant de plus en plus loin. Ce fut le début du ministère de cinquante années, avec la messe et la confession pour pôles majeurs.
Les stigmates attirèrent aussi l'attention de l'Elgise et la curiosité des scientifiques. Trois médecins vinrent à plusieurs reprises examiner les plaies.
En 1921, courut le bruit que Padre Pio serait transféré dans un autre couvent. La population de San Giovanni se rebella, et le Padre resta. En souvenir de cet accueil chaleureux, il demanda, pour autant que cela était en son pouvoir, à être enterré à San Giovanni.
Les « stigmates » de Padre Pio ont été examinés par des médecins à plusieurs reprises, en particulier à l'instigation de sa hiérarchie.
Dès 1919, le Saint-Office mande le Dr L. Romanelli, de l'hôpital de Barletta, qui l'examine 5 fois entre 1919 et 1920 :
« La blessure du thorax montre clairement qu'elle n'est pas superficielle. Les mains et les pieds sont transpercés de part en part. »
« Je ne peux trouver une formulation clinique qui m'autorise à classer ces plaies. »
Certains témoins disent avoir pu voir au travers des trous de ses mains, plaies qui n'auraient donc pas été superficielles.
En 1919, un médecin athée, le Pr Bignami, fait poser des scellés sur les bandages, pour écarter l'hypothèse de l'utilisation volontaire d'acide sur les plaies. En 1920 et 1925, le Dr Festa réexamine le Padre et conclut à :
« ... des phénomènes, reliés harmonieusement entre eux, qui se soustraient au contrôle des recherches objectives et de la science. »
Les stigmates commencèrent à se résorber un mois avant sa mort. Le corps de Padre Pio ne comportait plus aucune trace de stigmates ou de cicatrices lors de l'examen post-mortem.
Selon la littérature mystique, il s'agit d'une blessure physique provoquée par une cause immatérielle. La personne qui en est l'objet voit un personnage (soit Jésus-Christ, soit l'Esprit Saint, soit un ange) armé d'une lance flamboyante lui percer le flanc, comme le cœur de Jésus fut percé alors qu'il était mort sur la croix. Le cœur est touché et saigne de manière ininterrompue, plus particulièrement à certaines dates particulières, telle le vendredi saint. Il s'agit du prélude à l'union du "Verbe" et d'une âme, sous forme de noces ou mariage mystique. Thérèse d'Avila qui raconte cette scène, parle d'un "dard enflammé" qui la laisse "enflammée de l'amour de Dieu".
Le 5 août 1918, tandis qu'il confessait les jeunes scolastiques de son couvent, le Padre Pio manifeste des symptômes ou des signes faisant référence à la transverbération : son cœur est transpercé par un dard spirituel avec saignement réel.
Selon la littérature mystique, il s'agit d'une blessure physique provoquée par une cause immatérielle. La personne qui en est l'objet voit un personnage (soit Jésus-Christ, soit l'Esprit Saint, soit un ange) armé d'une lance flamboyante lui percer le flanc, comme le cœur de Jésus fut percé alors qu'il était mort sur la croix. Le cœur est touché et saigne de manière ininterrompue, plus particulièrement à certaines dates particulières, telle le vendredi saint. Il s'agit du prélude à l'union du "Verbe" et d'une âme, sous forme de noces ou mariage mystique. Thérèse d'Avila qui raconte cette scène, parle d'un "dard enflammé" qui la laisse "enflammée de l'amour de Dieu".
Le 5 août 1918, tandis qu'il confessait les jeunes scolastiques de son couvent, le Padre Pio manifeste des symptômes ou des signes faisant référence à la transverbération : son cœur est transpercé par un dard spirituel avec saignement réel.
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