La mort et la sanctification

En 1959, la santé de Padre Pio décline : son organisme est usé. Parfois, il ne peut célébrer le matin dans la chapelle du couvent. Mais alors, il faisait l'effort de parler, par micro, aux fidèles rassemblés sur la place de l'église pour l'Angelus.
Le 7 août 1959, alors qu'il est très faible depuis mai, il demande à la Vierge de Fatimà, dont la statue passe par San Giovanni Rotondo, de lui rendre la santé. Il est exaucé.
A partir de janvier 1968, la marche lui devient pénible ; il utilise alors un fauteuil roulant. Septembre 1968 : des milliers de fidèles se rassemblent pour le cinquantième anniversaire des stigmates et le 4° congrès international des Groupes de prière. Le 22 septembre, Padre Pio célèbre sa dernière messe.
Le 23 septembre, à 2 heures du matin, il reçoit le sacrement des malades. Une demi-heure plus tard, il meurt, le chapelet dans les mains et les noms " Jésus, Marie " sur les lèvres.

Le Padre Pio a fait l'objet de deux investigations officielles conduites par les autorités du Saint-Siège dès le 20 mars 1983, qui conclurent à l'authenticité de certains miracles en 1990, après avoir rassemblé 73 témoignages en 104 volumes.

Suite à l'avis favorable donné le 13 juin 1997 par la Congrégation pour la cause des saints, le Padre Pio est déclaré bienheureux le 2 mai 1999 au Vatican, en présence de plus de 200 000 personnes par le pape Jean Paul II.

Le 16 juin 2002, Jean-Paul II le canonise sous le nom de sanctus Pius de Pietrelcina (saint Pio da Pietrelcina) tout en ouvrant une procédure de reconnaissance officielle des stigmates par l'Église, des escarres détachés de ses stigmates lorsqu'il était toujours en vie étant utilisées comme reliques à cet effet. Sa tombe est ainsi devenue un haut lieu de pèlerinage.

Le 3 mars 2008, pour le 40^e anniversaire de sa mort, le Vatican a fait procéder à l'exhumation du corps du Padre Pio. Celui-ci a été déclaré en bon état de conservation générale, ses mains étant notamment incorrompues. Le 19 avril 2010, la Congrégation pour les causes des saints autorise la translation de son corps dans l’église inférieure Saint-Pio.

Le 21 juin 2010, ayant ouvert l'année du sacerdoce deux jours auparavant auprès des reliques du curé d'Ars, le pape Benoît XVI se rend en pèlerinage à San Giovanni Rotondo pour rendre également hommage au Padre Pio. Il dresse alors un parallèle entre ces deux figures de sainteté, dont la vie fut centrée sur la prière, l'eucharistie et la confession et qu'il donne comme modèles aux prêtres catholiques. Il insiste fortement pour que le sacrement de Pénitence soit remis en honneur.

Depuis le 1^er juin 2013 est renouvelée de manière permanente l’ostension du corps du saint dans une nouvelle chasse en verre dans la crypte qui accueillait son cercueil.