Les reliefs accidentés de la vallée de Qadisha et son isolement ont contribué à en faire un refuge naturel pour les communautés de la région. Dès les premiers siècles du christianisme, la vallée sacrée servit de refuge à différentes communauté religieuses, mais son histoire est surtout liée à celle des Maronites. Fuyant leurs lieux d'origine de la vallée de l'Oronte, accusés par les Byzantins de monothélisme, les Maronites y cherchèrent refuge lors des persécutions religieuses qui commencèrent à la fin du VIIe siècle. Ce mouvement s'intensifia au Xe siècle, après la destruction du monastère de Saint-Maroun. Les moines maronites établirent alors leur nouveau centre dans la vallée, à Notre-Dame de Qannoubine. Les monastères qui combinaient érémitisme et vie communautaire se multiplièrent rapidement sur les collines environnantes colonisant de nombreuses grottes souvent difficile d’accès.
À la fin des croisades, les maronites des villages environnants et ceux habitant dans les grottes de la Qadisha furent victimes de campagnes violentes, principalement de la part des sultans mamelouks Baybars Ier et Qalaoun (en 1268 et en 1283). En dépit de ces attaques, le monastère de Deir Qannoubine devint le siège du patriarcat maronite au XVe siècle, et le demeura pendant cinq siècles. Au XVIIe siècle, la réputation de piété des moines maronites était telle que nombre de poètes, d'historiens, de géographes, de politiciens et d'ecclésiastiques européens visitèrent la vallée Qadisha, et s'y installèrent même parfois.
La vallée accueille certains des plus anciens monastères chrétiens du Moyen-Orient.
En 1998, l'UNESCO inscrit la vallée de Qadisha dans la Liste du patrimoine mondial parce que c'est l'un des sites monastiques chrétiens les plus importants dans le monde et ce depuis les premiers pas de la chrétienté.
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