Padre Pio et l'Eglise

Dans un premier temps, les autorités ecclésiales regardèrent d'un bon oeil ce qui se passait à San Giovanni Rotondo. Le Pape Benoît XV déclara que Padre Pio était l'un de ces hommes que Dieu envoie de temps en temps pour convertir les foules.
Cependant, dès 1921, afin d'éviter les abus, le Saint-Office transmit certaines normes auxquelles Padre Pio devait se soumettre, dont l'interdiction de continuer à bénéficier de la direction spirtuelle du Père Benedetto.
Le 31 mai 1923, ce furent de véritables sanctions, dont l'interdiction de célébrer en public. Padre Pio s'y soumit le 15 juin, mais, devant les menaces de la foule, ses supérieurs l'autorisèrent à célébrer dans la chapelle du couvent dès le lendemain.
Le 23 mai 1931, en raison d'éléments extérieurs, le Saint-Office interdit tout ministère sacerdotal à Padre Pio, excepté la célébration de la messe dans une chapelle intérieure du couvent et en privé. Le couvent de San Giovanni Rotondo est placé sous la juridiction directe du supérieur général.

Pendant Deux années, Padre Pio vit dans la solitude et la souffrance, dans l'obéissance absolue, intensifiant encore sa vie de prière et passant de longues heures à la bibliothèque du couvent.
Le 16 juillet 1933, il peut de nouveau célébrer la messe en public, et à partir de 1934 il reprend les confessions. L'afflux des foules recommence, ainsi que la vie " normale " du Padre.
A partir de la fin de la deuxième guerre mondiale, le nombre de pèlerins devint très important. On pensa alors à construire une église plus grande ; elle fut consacrée le 1er juillet 1959.

Le 14 juillet 1933 le Saint-Office autorise à nouveau le Padre Pio à célébrer des messes publiques et à entendre des confessions.

Le 10 janvier 1940, il ébauche les plans pour une Casa Sollievo della Sofferenza « Maison pour soulager la souffrance ». L'hôpital ouvre en 1944, mais l'inauguration officielle n'a lieu que le 5 mai 1956. À la même époque, le Padre Pio fonde des Groupes de prière afin de guérir et soulager les âmes.

Dès 1947, des mesures sont à nouveau prises à San Giovanni Rotondo suite à la visite du père général de l'ordre des Capucins, qui constate un certain désordre liturgique à cause de la piété excessive de certains fidèles. En 1947, le jeune père Karol Wojtyla lui rendit visite.

À partir des années 1950 un immense scandale financier secoue le monde catholique italien. Des fonds ont été détournés pour des profits personnels et d'autres ont été placés à perte dans les magouilles du banquier Giuffré: les Capucins, comme beaucoup d'autres, sont en faillite. Padre Pio n'est pas mis en cause dans cette affaire et il est ainsi relevé de ses vœux de pauvreté afin d'avoir toute liberté de gérer les fonds de ses fidèles pour la Casa Sollievo della Sofferenza. Il devait alors subir maintes brimades et persécutions de ses pairs qui tentaient de s'approprier son "trésor".

En avril 1960, le pape Jean XXIII apprend que des microphones ont été installés autour du stigmatisé dans le couvent et dans son confessionnal. Le souverain pontife ordonne une enquête plus approfondie de Padre Pio, en envoyant Mgr Carlo Maccari, chef du second bureau du vicariat de Rome. Du 30 juillet au 2 octobre 1960, ce visiteur apostolique examine les troubles et constate une dévotion excessive amenant un commerce d'objets touchant Padre Pio, tels que des morceaux de tissus prétendument imbibés du sang des stigmates. Suite à cette visite, le Saint-Office entreprend de limiter les apparitions publiques du Padre Pio qui a acquis une renommée en tant qu'ouvrier de miracles, œuvrant jusqu'à 19 heures par jour au sein de son église. En novembre 1961, le Supérieur de l'Ordre demande à Padre Pio de restituer les fonds des fidèles afin de renflouer les caisses, ce qu'il fit.

En 1962, l'archevêque de Cracovie, M^gr Karol Wojtyla, le futur pape Jean-Paul II, écrit une lettre en latin au Padre Pio pour lui demander de prier pour une mère de 4 enfants atteinte d'un cancer, Wanda Poltawska. Le Padre Pio dit qu'il ne pouvait pas refuser. Quatre jours plus tard, Wanda Poltawska est guérie.

Ce n'est qu'à la demande expresse du pape Paul VI, qu'il est à nouveau pleinement autorisé à effectuer son office sans restriction, à partir du 30 janvier 1964.

Le 20 février 1971, à peine trois ans après sa mort, parlant aux supérieurs de l'Ordre des Capucins, Paul VI disait de lui: « Regardez quelle renommée il a eue, quelle audience mondiale il a rassemblée autour de lui! Mais pourquoi ? Peut-être parce qu'il était un philosophe ? Parce qu'il était un sage ? Parce qu'il avait des moyens à sa disposition ? Parce qu'il célébrait la Messe avec humilité, confessait du matin au soir, et était, c'est difficile à dire, un représentant de notre Seigneur marqué de ses stigmates. C'était un homme de prière et de souffrance ».