Un matin, il entend l'évangile de l'envoi en mission des disciples. Appliquant l'Évangile à la lettre, il parcourt la campagne, pieds nus et une corde pour ceinture, en annonçant: "Que le Seigneur vous donne sa paix." Des compagnons lui viennent et il leur rédige une Règle faite de passages d'Évangile. Quand ils seront douze, ils iront à Rome la faire approuver par le Pape Innocent III.
Parallèlement, Claire Favarone devient première clarisse.
Pour les laïcs, il fonde un troisième Ordre, appelé aujourd'hui "la Fraternité séculière." Il envoie ses frères de par le monde et lui-même rencontre le sultan à Damiette pour faire cesser la guerre entre chrétiens et musulmans. A son retour, il trouve l'Ordre en grandes difficultés d'unité. Il rédige une nouvelle Règle et se retire, épuisé, sur le mont Alverne où il reçoit les stigmates du Christ en croix. Il connaît ainsi dans son cœur l'infini de l'amour du Christ donnant sa vie pour les hommes. En 1226, au milieu de très grandes souffrances, il compose son "Cantique des Créatures" et le 3 octobre, "nu, sur la terre nue", il accueille "notre sœur la mort corporelle."
Loué sois-tu, mon Seigneur, avec toutes tes créatures, spécialement messire frère Soleil, par qui tu nous donnes le jour, la lumière ; il est beau, rayonnant d'une grande splendeur, et de toi, le Très-Haut, il nous offre le symbole...
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