La « statue pèlerine » de Notre-Dame de Fatima, réalisée en 1947 est installée, depuis le 8 décembre 2003 à gauche de l'autel, derrière la balustrade. Elle est posée sur un piédestal en pierre.

Le retable situé derrière l'autel représente « le message de Notre Dame descendant sous la forme de lumière et de paix, à la rencontre des voyants préparés par l'Ange ». Sur le coin supérieur droit se distinguent trois papes (Pie XII, Jean XXIII et Paul VI, et sur le côté opposé trois anges.

Les vitraux (autour du chœur) représentent les quatre évangélistes, l'apparition de l'ange (aux enfants), une scène de la vie des bergers et une représentation d'un pèlerinage à la Cova da Iria.

Les autres vitraux des autels latéraux et des galeries et toutes les peintures représentent les invocations des litanies de la Vierge

Sur le côté droit du chœur, se trouve la statue de saint Dominique, grand apôtre du rosaire au XIII° siècle. Sur la gauche, saint Antoine-Marie Claret, fondateur de la Congrégation des missionnaires de Marie Cœur.

En 1995, le chœur de l'église est réorganisé, et un grand autel en marbre est érigé au centre du chœur. La façade en argent représentant la Cène, présente sur le précédent autel est réinstallée sur ce nouvel autel.