L’abbaye de Vézelay était bénédictine, de l’ordre de Cluny. Elle se situait au départ d’une des quatre grandes routes françaises pour les pèlerins se rendant à Saint Jacques de Compostelle en Galicie, au nord-ouest de l’Espagne.
Selon la légende, un peu avant la fin du premier millénaire, un moine nommé Baudillon apporta des reliques (os) de Marie Madeleine à Vézelay, en provenance de Saint-Maximin-La-Sainte-Baume. En 1058, le pape confirma l’authenticité des reliques, amenant un afflux de pèlerins qui continue jusqu’à ce jour. En 1104, une nouvelle église fut commencée pour accueillir tous ces pèlerins.
Saint Bernard de Clairvaux y prêcha la Seconde Croisade, en 1146. Richard I d’Angleterre et Philippe II de France se rencontrèrent à l’abbaye et séjournèrent là pendant trois mois avant de partir pour la Troisième Croisade.
Le début du déclin de Vézelay coïncida avec la découverte bien médiatisée en 1279 du corps de Marie Madeleine à Saint-Maximin-La-Sainte-Baume, en Provence. Les Moines dominicains du lieu établirent rapidement la liste des miracles perpétués par ces reliques. Cette découverte mina considérablement la position de Vézelay en tant que sanctuaire principal de Madeleine en Europe.
Après la Révolution, Vézelay menaçait de s’effondrer. En 1834, le tout nouvel Inspecteur français des monuments historiques, Prosper Mérimée (plus connu comme étant l’auteur de Carmen), informa de l’état de l’église. Le jeune architecte Eugène Viollet-le-Duc fut nommé pour superviser une restauration importante et réussie qui s’effectua en plusieurs tranches.
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